Unter Umständen hat das ja was mit dem Betriebssystem des Servers zu tun.
Ne, das nun wirklich nicht.
Das OS hat mit dem Anlegen von Dateien durch PHP nichts zu tun
Daran kannst Du aber nichts machen. Da muss derjenige der es hochfährt und einrichtet die entsprechenden Schreibrechte vergeben.
Einmal vergeben, kannst Du diese mit dem "DateiChmoder" komplett sichern und gegebenenfalls wenn einer was rumfummelt auf einen Schlag zurückspielen.
Das hat wenig bis nichts mit dem hier beschriebenen Problem zu tun.
P.S.: Zum chmodden verwendert man einfach "chmod -parameter wert ziel", falls wir hier von Linux sprechen was bei Servern fast immer der Fall ist, egal um welche Distribution es schlussends geht *g*
Das Problem um das es hier geht, ist, das PHP Dateien erstellt werden und diese dann einen falschen chmod haben/bekommen, bzw. einen zu niedrigen.
Das hat nichts mit hochladen/bearbeiten zu tun, sondern geht rein von PHP und dem Webserver aus.